1960’ta Malatya’da doğdu. İlk ve orta öğretimini Gaziantep ve Mardin’de, lisans eğitimini ise Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesinde tamamladı. 1985’te Ondokuz Mayıs Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Dinler Tarihi Anabilim Dalı’na Araştırma Görevlisi olarak atandı. 1988’de lisansüstü eğitimi için İngiltere’ye gitti. Durham Üniversitesi School of Oriental Studies’te MA Research, Manchester Üniversitesi Department of Middle Easter Studies’te PhD çalışmalarını sürdürdü. Kasım 1991’de Doktorasını tamamladı. 1992’de Ondokuz Mayıs Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’ne Dinler Tarihi Yardımcı Doçenti olarak atandı. 1995’te Dinler Tarihi Doçenti oldu. 2003’te ise İstanbul Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’ne Dinler Tarihi Profesörü olarak atandı. Anabilim Dalı Başkanlığı, Bölüm Başkanlığı, Senato üyeliği ve çeşitli kurul üyelikleri gibi görevler yapan Prof. Dr. Şinasi Gündüz 2009 yılından itibaren İstanbul Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Dekanlığı görevini yürütmektedir. Gnostik dinler, heterodoksal akımlar, Sabiilik, Hıristiaynlık, küreselleşme ve din ilişkisi, karşılaştırmalı dinler ve dinler arası ilişkiler gibi alanlarda  yaptığı birçok çalışması yurtiçi ve yurtdışında yayımlanmış, bazı eserleri çeşitli dillere çevrilmiştir. Eserlerinden bazırları şunlardır:

Ş. Gündüz, The Knowledge of Life. The Origins and Early History of the Mandaeans and Their Relation to the Sabians of the Qur’an and to the Harranians, Oxford University Press 1994 [256s.]

Ş. Gündüz, Sâbiîler Son Gnostikler, Ankara: Vadi 1995 [213s.]

Ş. Gündüz, E. Sarıkçıoğlu, Y. Ünal, Dinlerde Yükseliş Motifleri, Ankara: Vadi 1995 [135s.]

Ş. Gündüz, Din ve İnanç Sözlüğü, Ankara: Vadi 1998 [468s.]

Ş. Gündüz, Mitoloji ile İnanç Arasında. Ortadoğu Dinsel Gelenekleri Üzerine Yazılar, Samsun: Etüd 1998.

Ş. Gündüz, Pavlus: Hıristiyanlığın Mimarı, Ankara: Ankara Okulu Yayınları 2001 [272s.]

Ş. Gündüz, Dinsel Şiddet: Sevgi Söyleminden Şiddet Realitesine Hıristiyanlık, Samsun: Etüt 2002.

Ş. Gündüz, M. Aydın, Misyonerlik: Hıristiyan Misyonerler, Yöntemleri ve Türkiye’ye Yönelik Faaliyetleri, İstanbul: Kaknüs 2002

Ş. Gündüz, Küresel Sorunlar ve Din, Ankara: Ankara Okulu Yayınları 2005 [223s].

Ş. Gündüz, Misyonerlik, Ankara: DİB Yayınları 2005 [120s]

Ş. Gündüz, Anadolu’da Paganizm: Antik Dönemde Harran ve Urfa, Ankara: Ankara Okulu Yayınları  2005 [144s.]

Ş. Gündüz, Cafer S. Yaran (editör), Change and essence: dialectical relations between change and continuity in the Turkish intellectual tradition, Washington: RVP Pres 2005

Ş. Gündüz, Hıristiyanlık, İstanbul: İSAM Yayınları 2006.

Ş. Gündüz (editör), Yaşayan Dünya Dinleri, Ankara: Diyanet İşleri Başkanlığı 2007 [605s.]