Rasûlullah İkinci Akabe Biatı’ndan sonra ashabına Yesrib’e hicret için izin verdi. Bunun üzerine ilk defa Âmir b. Rebîa ile hanımı Leylâ bint Hasme buraya göç ettiler; daha sonra da diğer sahâbîler kafileler halinde Mekke’den ayrılmaya başladılar. Bu arada işaret etmek gerekir ki, daha önce Mekke’den Medine’ye gitmiş birkaç sahabî bulunmaktaydı. Bunlar Akabe biatlarından önce Medine’ye hicret eden Ebû Seleme el-Mahzûmî ve hanımı Ümmü Seleme ile Birinci Akabe Biatı’ndan sonra Hz. Peygamber tarafından Medine’ye İslâm’ı tebliğ için gönderilen Mus’ab b. Umeyr ve Abdullah b. Ümmü Mektûm idi.
Genel olarak hicret gizlice yapılmaktaydı. Çünkü Kureyşli müşrikler müslümanların Mekke’den ayrılmalarına dahi müsaade etmek istemiyor, çeşitli zorluklar çıkartıp ellerinden geldiğince hicreti engellemeye çalışıyor, hatta bazı müslümanları hapsediyorlardı. Meselâ, Ebû Seleme ile hanımı Ümmü Seleme Habeşistan’dan Mekke’ye döndükten sonra çocukları Seleme’yi de yanlarına alarak Medine’ye hicret için yola çıktıklarında Ümmü Seleme’nin ailesi onun gitmesine izin vermedi. Bu sebeple Ebû Seleme hanımı ve çocuğunu Mekke’de bırakarak Medine’ye yalnız gitmek zorunda kaldı. Öte yandan Ebû Seleme’nin ailesi de Ümmü Seleme’nin ailesinin yaptıklarına karşılık olarak Seleme’yi annesinin elinden aldılar. Hem kocasından hem de oğlundan ayrı kalmanın verdiği derin üzüntüyle Ümmü Seleme bir yıl boyunca göz yaşı döktü. Sonunda akrabaları insafa gelerek Medine’ye gitmesine izin verdiler. Ebû Seleme’nin ailesi de Seleme’yi annesine teslim etti. Ümmü Seleme çocuğunu yanına alarak Medine’ye gitmek üzere tek başına Mekke’den ayrıldı. Yolda karşılaştığı Osman b. Talha’nın refakatinde Kubâ’ya ulaştı ve Ebû Seleme ile buluştu. Hişâm b. Âs, hicret için hazırlık yapmış, ancak babası Âs b. Vâil başta olmak üzere müşrikler tarafından zincire vurulup hapsedilmişti. Ayyâş b. Ebû Rebî‘a hicret için yola çıkıp Kubâ’ya kadar gelmiş, ancak burada kendisine yetişen ana-bir kardeşleri Ebû Cehil ve Hâris b. Hişâm yaşlı annesinin onun ayrılığı yüzünden perişan hale geldiğini ileri sürüp Mekke’ye dönmesini sağlamışlar ve burada hapsetmişlerdi. Hişâm b. Âs ve Ayyâş b. Ebû Rebî‘a hicretin 7. yılında (milâdî 629) müşriklerin elinden kurtulup Medine’ye gidebilmiştir. Suheyb b. Sinân er-Rûmî’nin hicret edeceğinden haberdar olan Mekkeliler ona olan borçlarını ödemedikleri gibi mal varlığına da el koymuşlar, Suheyb o güne kadar elde ettiği bütün kazancını Mekkeliler’e bırakmak suretiyle ancak hicret edebilmiştir. Bu noktada Hz. Ömer’in hicreti ise farklı bir mahiyet arzeder. O, Kâbe’yi tavaf edip iki rekat namaz kıldıktan sonra müşriklere açıkça meydan okuyarak yola çıkmıştır.
Hicret izninden sonra kısa denilebilecek bir sürede ashabın büyük bir kısmı Yesrib’e göç etmiş; geride Hz. Peygamber ile Hz. Ebû Bekir ve aileleri, Hz. Ali ve annesi, ayrıca hicret etmeye gücü yetmeyenler ile gidişleri engellenmiş olanlar kalmıştı. Bu arada Hz. Ebû Bekir Rasûlullah’a müracaat ederek hicret için izin istiyor, o da her defasında “Acele etme! Umulur ki, Yüce Allah sana bir yol arkadaşı ihsan eder” cevabını veriyordu.
Müslümanların inançları uğruna görülmemiş bir fedakârlık anlayışı içinde evlerinden, mal ve mülklerinden vazgeçip Yesrib’e hicret ettiklerini gören Kureyş müşrikleri, Hz. Muhammed’in de bir gün oraya giderek ashabıyla birlikte kendilerine karşı tehlike ve tehdit oluşturacağından endişe duymaya başladılar. Gelişmeler karşısında nasıl bir yol takip edeceklerini belirlemek üzere Dârünnedve’de toplandılar. Hz. Peygamber’in mensup olduğu Hâşimoğullarından kimsenin alınmadığı toplantıda Hz. Muhammed (sav)’in sürgüne gönderilmesi veya hapsedilmesi gibi görüşler ileri sürüldü. Sonunda Ebû Cehil’in teklifiyle onu öldürmeyi, Hâşimoğulları’nın kan davası gütmesini önlemek için de bu işin bir kişi tarafından değil, bütün kabilelerden birer kişinin katılacağı bir topluluk tarafından yerine getirilmesini kararlaştırdılar. Bu suikast kararını vahiy yoluyla öğrenen Hz. Peygamber, hemen harekete geçip Hz. Ebû Bekir’in evine gitti ve onunla birlikte hicret hazırlığına başladı. Kendilerine kılavuzluk yapmak üzere Abdullah b. Uraykıt ile anlaştılar. Abdullah b. Uraykıt müşrik olmakla birlikte güvenilir ve mert bir kişiydi. Hz. Ebû Bekir hicret için önceden hazırladığı iki deveyi kılavuza verdi ve üç gün sonra Sevr dağının eteğinde buluşmak üzere onunla sözleşti. Hz. Peygamber, evinden ayrıldığını müşriklere fark ettirmemek ve kendisine bırakılan emanetleri sahiplerine vermek üzere Hz. Ali’yi görevlendirdi. Gece yarısı yola çıkan Hz. Peygamber ve Hz. Ebû Bekir Mekke’nin güney-batısında bulunan Sevr dağındaki bir mağaraya vardılar ve burada gizlendiler. Burada kaldıkları üç gün boyunca Hz. Ebû Bekir’in oğlu geceleri gelip şehirdeki gelişmeleri onlara haber veriyordu. Ayrıca Hz. Ebû Bekir’in koyunlarının çobanlığını yapan Âmir b. Füheyre de sürüsünü mağaraya doğru sürerek süt ve yiyecek getirmiş, daha sonra da onlarla birlikte hicret etmiştir.
Kureyş müşrikleri Hz. Peygamber’in evinde onun yerine Hz. Ali ile karşılaşınca şaşkına döndüler. Hz. Ali’ye nerede olduğunu sordularsa da cevap alamayınca onu dövüp bir süre tutukladıktan sonra serbest bıraktılar. Ardından Hz. Ebû Bekir’in evine gidip kızı Esma’dan bilgi almaya çalıştılar. Esmâ’dan istediği bilgiyi alamayan Ebû Cehil onu tartaklamaktan çekinmedi. Hz. Peygamber’i Mekke’de bulamayan ve şehirden ayrıldığını anlayan müşrikler bütün çevreyi taramaya, etrafa haberciler göndermeye başladılar. Bir ara Sevr mağarasının önüne kadar geldiler. Ancak Yüce Allah’ın emriyle mağaranın girişi bir örümcek ağıyla kaplanmış olduğundan içeride kimsenin bulunmadığı kanaatine vararak geri döndüler. Müşrikler mağaranın önünde iken, fark edilecekleri korkusuna kapılan Hz. Ebû Bekir’i Rasûlullah Kur’an’da ifade edildiği üzere: “Korkma! Elbette Allah bizimledir” (et-Tevbe 9/40) buyurarak teskin etti. Mağarada geçirilen üç günün sonunda daha önce kararlaştırıldığı şekilde kılavuz Abdullah b. Uraykıt, develerle birlikte Sevr’e geldi. Sevr’den Yesrib’e doğru sahil istikametinde yola çıkıldı. Bir tehlikeye maruz kalmamak için kafile, bilinen işlek ve mutat yollar yerine farklı bir güzergâhı, zaman zaman sarp dağ geçitlerini veya çölün ortasını tercih etti. Hz. Muhammed (sav)’i bulmak için çeşitli yollara başvuran Kureyşliler onu yakalayana 100 deve ödül vaad ettilerse de hiçbir sonuç elde edemediler. Kureyşliler’in koyduğu ödülü kazanabilmek için Hz. Peygamber’i aramaya koyulan ve iz sürmekte maharetli olan Sürâka b. Mâlik kafileye ulaştı; ancak bir mucize eseri atının ayakları kuma gömülünce takipten vazgeçti. Benzer bir tehlike Eslem kabilesinin topraklarından geçerken yaşandı. Kabile reisi Büreyde b. Husayb kafilenin önünü kesti; ancak Rasûlullah ile yapılan kısa sohbetten sonra, kendisi ve kabilesi müslüman oldu. Büreyde, kendi topraklarından ayrılıncaya kadar kafileye eşlik etti. Hicret yoluyla kervan yolunun kesiştiği Cuhfe adlı mevkiye gelince, Rasûlullah Mekke yolunu hatırladı ve şehre duyduğu özlemle hüzünlendi. Bunun üzerine, uğradığı zulümden dolayı hicrete mecbur bırakıldığı Mekke’ye, düşmanlarına üstünlük sağlayıp tekrar döndürüleceğini müjdelen âyet nâzil oldu (el-Kasas, 28/85). Hicret esnasında bazı güzel olaylar da yaşandı. Meselâ, kafile Kudeyd’de yiyecek bir şeyler almak üzere Ümmü Ma‘bed Âtike bint Hâlid’in bulunduğu çadıra uğradı. Burada Hz. Peygamber, sürüye katılamayacak kadar zayıf, sütten kesilmiş bir keçiyi besmele çekerek sağmaya başladı. Keçi oradakilere yetip artacak kadar süt verdi. Ümmü Ma‘bed daha sonra çadıra dönen kocasına olayı anlatıp onun isteği üzerine Hz. Peygamberi edebî bir dille tavsif etti. Onun ifadeleri hilye edebiyatına konu olmuş ve günümüze kadar gelmiştir.
Yesrib’de bulunan müslümanlar Rasûl-i Ekrem’in Mekke’den ayrıldığını öğrenmiş, gecikmesinden dolayı da endişelenmişlerdi. Her sabah Mekke yolu üzerindeki Harre mevkiine çıkıp sıcağın şiddetlendiği vakte kadar yolunu gözlüyorlardı. Yine 8 Rebîülevvel (20 Eylül 622) pazartesi günü de böyle yapmış ve evlerine dönmüşlerdi ki, üç katlı bir evin damında bulunan bir yahudi kızı yaklaşmakta olan kafileyi görünce, bunun beklenen misafir olduğunu anladı ve bağırarak durumu ilân etti. Bunun üzerine müslümanlar Rasûl-i Ekrem’i karşılamak için Harre’ye koştular. Hz. Peygamber, Yesrib’e bir saatlik mesafede bulunan Kubâ’da Külsûm b. Hidm’in evine misafir oldu. Birkaç gün bu kasabada kaldı ve burada bir mescid yaptırdı. Bu arada Hz. Peygamber’in kendisine bıraktığı emanetleri sahiplerine iade edip yine onun emri doğrultusunda Mekke’den ayrılan Hz. Ali, gündüz gizlenip gece yol almak suretiyle Kubâ’ya geldi ve burada Hz. Peygamber’le buluştu. Hz. Ali ile birlikte annesi Fâtıma bint Esed, Hz. Peygamber’in hanımı Sevde bint Zem‘a, kızları Hz. Fâtıma ve Ümmü Külsûm ve Hz. Ebû Bekir’in ailesinin de Kubâ’ya geldiği rivâyet edilmektedir. Bunun yanında Hz. Peygamber’in ve Hz. Ebû Bekir’in ailelerinin daha sonra Medine’den gönderilen Zeyd b. Hârise ve Ebû Râfi‘in refakatinde hicret ettikleri de kaydedilmektedir. Hz. Peygamber yanındakilerle birlikte 12 Rebîülevvel 1 (24 Eylül 622) Cuma günü Kubâ’dan Yesrib’e hareket etti. Cuma namazı vakti girince Rânûnâ vadisinde Sâlim b. Avf kabilesine uğradı; ilk Cuma hutbesini okudu ve namazını kıldırdı. Rasûlullah bu hutbesinde Allah’a hamd ü senâdan sonra insanların âhirette mutlaka hesaba çekileceğinden, herkesin emri altındakilerden sorumlu tutulacağından, öldükten sonra insana dünyada yaptığı iyi davranışlardan başka bir şeyin fayda etmeyeceğinden bahsetti ve büyük-küçük demeden iyilik yarışına girerek âhiret için hazırlıklı olmalarını tavsiye etti. Namazdan sonra Yesrib’e hareket eden Hz. Peygamber şehir halkı tarafından büyük bir coşkuyla karşılandı. Medine’de görülmemiş bir şenlik ve bayram havası yaşanıyordu. Yolun iki tarafında sıralanan yediden yetmişe herkes, kadınlar ve çocuklar büyük bir sevinç içerisinde Allah’ın yüce elçisini karşılıyordu. Bu sırada defler çalınıyor ve “Veda tepelerinden ay doğdu üzerimize/Allah’a davet sürdükçe şükretmek vacip bize/Ey gönderilen kutlu elçi/Sana itaat etmek düşer hepimize/Aramıza hoş geldin, şeref verdin şehrimize” şeklindeki mısralarla duygular dile getiriliyordu. Hemen herkes Rasûlullah’ın kendi evlerine misafir olmasını istiyor, davette bulunup ısrar ediyordu. Rasûlullah Kasvâ adlı devesinin üzerinde halkı selamlayıp kendilerine teşekkür ederken, devesinin çöktüğü yere en yakın eve misafir olacağını söyleyerek şehre girdi ve Ebû Eyyûb el-Ensârî’nin (Hâlid b. Zeyd) evine misafir oldu. Böylece çile ve ıstırap dolu Mekke dönemi sona ermiş, İslâm tarihinde yeni bir dönem başlamış oldu. Yesrib de artık Peygamber şehri anlamında Medînetü’r-Resûl veya el-Medînetü’l-münevvere adıyla anılmaya başladı.
Kaynaklarda Hz. Peygamber’in Mekke’den çıkışı, Kubâ’ya varışı ve Medine’ye girişi hakkında farklı tarihler verilmektedir. Bu konudaki rivayetlerin incelenmesi sonucunda Mekkeliler’in 26 Safer (9 Eylül 622) Perşembe günü Hz. Peygamber’e suikast kararı aldıkları, durumu öğrenen Resûl-i Ekrem’in o gece şehirden ayrılarak Sevr mağarasına gittiği, 27-29 Safer (10-12 Eylül 622) günlerini mağarada geçirdiği, 1 Rebîulevvel (13 Eylül 622) Pazartesi günü mağaradan yola çıktığı, 8 Rebîulevvel (20 Eylül 622) Pazartesi günü Kubâ’ye vardığı ve 12 Rebîulevvel (24 Eylül 622) Cuma günü Medine’ye girdiği anlaşılmaktadır.