Rasûl-i Ekrem, Veda Haccı’ndan Medine’ye döndükten sonra sağlığı bozuldu. Rahatsızlandığı günler içinde Uhud şehitlerini ziyaret edip cenaze namazı kıldı. Yine bir gece evinden çıkarak Cennetü’l-bakî‘ mezarlığına gitti ve orada yatanlara Allah’tan mağfiret dileyip evine döndü. Aynı günlerde Yemen’de Mezhic kabilesine mensup Esved el-Ansî, peygamberlik iddiasıyla ortaya çıktı.
Kabilesinden topladığı 600 kadar süvari kuvvetiyle San‘a üzerine yürüyen Esved; kendisine karşı çıkan, buranın ilk Müslüman valisi Bâzân’ın yerine tayin edilen oğlu Şehr’i öldürdü ve karısı Âzâd’la zorla evlenip bölgeye hakim oldu. Hz. Peygamber bölgenin valileri ile ileri gelenlerine onun ortadan kaldırılması için mektup gönderdi. Sonunda Esved, Âzâd’ın yardımıyla öldürüldü (8 Rebîülevvel 11/3 Haziran 632). Öte yandan Medine’ye bir heyet gönderen Benî Hanîfe’ye mensup Müseylimetülkezzâb, heyetin Yemâme’ye dönüşünde irtidad ederek peygamberlik iddia etmeye başladı. Rasûlullah bir mektup göndererek onu yeniden İslam’a davet etti. Müseylime, yazdığı cevabi mektupta Rasûlullah’a ortaklık teklif etti ve yeryüzünün yarısının kendisine yarısının da Kureyş’e ait olduğu iddiasında bulundu. Rasûl-i Ekrem; cevabında yeryüzünün Allah’a ait olduğunu, ona kullarından dilediğini vâris kılacağını bildirdi. Müseylime, Hz. Ebû Bekir’in halifeliği döneminde ortadan kaldırıldı.
Hicretin 11. yılı Safer ayının sonlarında (Mayıs 632) Hz. Peygamber, Mûte Savaşı’nın yapıldığı Bizans topraklarına Üsâme b. Zeyd kumandasında bir ordu göndermeye karar verdi. Hazırlanan ordu Medine’nin dışında Cürüf mevkiinde karargâh kurdu. Bu sırada Rasûlullah’ın hastalığı ağırlaşınca Üsâme harekete geçmeyip beklemeyi tercih etti.
Rasûl-i Ekrem bu arada zaman zaman şiddetlenen baş ağrısı ve yüksek ateşten mustaripti. Hastalığı sırasında yakınlarının yardımıyla Mescid-i Nebevî’ye gelip namaz kıldırıyordu. Bir gün minbere çıkıp “Allah kulunu dünya ile kendisine kavuşmak arasında muhayyer kıldı ve kulu da ona kavuşmayı tercih etti” buyurdu. Söz konusu kulun Hz. Peygamber olduğunu anlamakta gecikmeyen Hz. Ebû Bekir “Anamız babamız sana feda olsun yâ Rasûlallah!” diyerek ağlamaya başladı. Hz. Peygamber onu teskin etti ve kendisinden memnun olduğunu söyledi. Ardından Ensâr ve Muhacirlerin karşılıklı fedakârlıklarını ve faziletlerini hatırlatarak birlikte hareket etmeleri konusunda nasihatte bulundu. Daha sonra kimin kendisine hakkı geçmişse gelip almasını istedi. Kul hakkı konusunda hassas davranılması, borçların zamanında ödenmesi ve tarihte bazı örnekleri görüldüğü gibi kabrinin tapınak haline getirilmemesine dair uyarılarda bulundu.
Hz. Peygamber’in kızı Fâtıma ve halası Safiyye’ye yaptığı şu vasiyet de dikkat çekicidir. “Allah katında değer taşıyan güzel işler yapınız. Yoksa helal haram konularında Allah’ın sorgusundan ben sizi kurtaramam”.
Rasûlullah’ın Müslümanlara son vasiyetlerinden biri de sorumlulukları altındaki insanlara iyi davranmaları, ahirette Allah huzurunda hesaba çekilecekleri bilinciyle gerekli hazırlığa özen göstermeleri ve yabancı elçilerin güzel bir şekilde ağırlanıp hediyeler verilmesi gibi husuları içermektedir.
Son günlerini Hz. Âişe’nin yanında geçiren Hz. Peygamber, vefatına üç gün kala hastalığı ağırlaşınca namazları Hz. Ebû Bekir’in kıldırmasını emretti. Kendisini iyi hissettiği bir sırada Hz. Ali ve Fazl b. Abbas’ın yardımıyla mescide gitti; halka namaz kıldırmakta olan Ebû Bekir geri çekilip mihrabı kendisine bırakmak isteyince devam etmesi için işarette bulundu ve yanında namaza durdu. Vefat ettiği günün sabah namazından sonra Ebû Bekir kendisini ziyaret etti ve hastalığının hafiflediğini görünce izin isteyip evine gitti. Fakat Hz. Peygamber’in durumu birden ağırlaştı. Hz. Âişe’nin söylediğine göre Rasûlullah vefat etmeden önce hafif bir sesle “Lâ ilâhe illallah, ruh teslimi ne zor şeymiş!” dedi ve onun kolları arasında “Maa’r-refîki’l-a‘lâ” (en yüce dosta) sözüyle ruhunu teslim etti (13 Rebîülevvel 11/8 Haziran 632 Pazartesi).
Hz. Peygamber’in vefatı, bütün Müslümanları derinden üzdü, hatta münafıkların sevindiğini hisseden Hz. Ömer gibi bazı sahabeler şaşkınlık içinde onun ölmediğini söylüyordu. Durumdan haberdar olan Hz. Ebû Bekir doğruca Peygamberimiz’in naaşının başına geldi, yüzündeki örtüyü kaldırıp öptü ve “Anam babam sana fedâ olsun ey Allah’ın elçisi! Sağlığında güzeldin, ölümünde de güzelsin” dedi. Ardından mescide giderek şunları söyledi: “Ey insanlar! Muhammed’e tapan biri varsa bilsin ki Muhammed ölmüştür. Kim de Allah’a tapıyorsa bilsin ki O ölümsüzdür. (İbn Hişâm, II, 655-656). Sonra da şu ayeti okudu: “Muhammed sadece bir peygamberdir. Ondan önce de nice peygamberler gelip geçmiştir. O ölür veya öldürülürse gerisin geriye mi döneceksiniz? Şunu da bilin ki geriye dönecek kimse Allah’a hiçbir şekilde zarar vermiş olmayacaktır. Allah takdirine rıza gösterenlerin mükâfatını verir” (Âl-i İmrân 3/144). Rasûlullah’ın cenazesi, amcası Abbas’ın oğulları Fazl ve Kusem ile Üsâme b. Zeyd’in yardımıyla Hz. Ali tarafından salı günü yıkandı ve bulunduğu odada muhafaza edildi. Cenaze namazı cemaatle kılınmadı; önce erkekler, ardından kadınlar, daha sonra çocuklar cenazenin bulunduğu yere sığabilecek gruplar halinde girip tek başlarına cenaze namazı kıldılar. Naaşı, Hz. Ebû Bekir’in Rasûlullah’tan naklettiği bir hadise dayanılarak vefat ettiği yerde kazılan mezara Hz. Ali, Fazl, Kusem ve Üsâme tarafından indirildi.
Sade bir hayat yaşayan, elde ettiği maddi imkânları Allah yolunda harcayan Rasûl i Ekrem’den geriye son derece mütevazi bir miras kalmıştır. Zira kendisi “Biz peygamberler zümresi miras bırakmayız. Bizim geride bıraktığımız her türlü servet sadakadır” buyurmuştur (İbn Sa‘d, II, s. 314; Buhârî, “Humus”, 1). Vefatında mülkiyetinde beyaz bir katır, silahları ve bir miktar arazisi vardı. Arazilerinin gelirinin ailesi için harcanmasını ve kalanının devlet hazinesine devredilmesini emretmişti. Ölümünden kısa bir süre önce bununla Allah’ın huzuruna çıkmaktan hayâ edeceğini söyleyerek elinde kalan 7 dirhemin fakirlere dağıtılmasını istedi. Kendisine ait bir zırh da borcu karşılığında bir Yahudinin elinde rehin olarak bulunuyordu.
Hz. Peygamber’in manevi mirası ise gerek ümmeti ve gerekse bütün insanlık için son derece büyük ve değerlidir. O, Veda Hutbesi’nde de belirttiği üzere Kur’ân ve Sünnet’i en değerli miras olarak bırakmış, bu iki temel kaynak etrafında şekillenen İslam dini ve medeniyeti asırlar boyunca geniş bir coğrafyada etkisini hissettirerek insanlık tarihindeki yerini almıştır.