“Eğer müminlerden iki grup birbirleriyle vuruşurlarsa aralarını düzeltin. Şayet biri ötekine saldırırsa, Allah’ın buyruğuna dönünceye kadar saldıran tarafla savaşın. Eğer dönerse artık aralarını adaletle düzeltin ve adaletli davranın. Şüphesiz ki Allah âdil davrananları sever.” (Hücurat, 49/9.)
Hz. Osman (ra)’ın şehadeti, Müslümanlar arasında tahmin edilemeyen derin bir kriz doğurdu. Halife’nin şehadetinden sonra ilk yapılması gereken şey, iktidar boşluğuna mahal bırakmadan onun yerine birisini seçmekti. Asiler, kendi aralarından birisini halife seçemezlerdi; zira böyle bir kişiye kimse biat etmezdi. Bunun için Medinelilere baskı yaparak bir halife seçmelerini istediler ve halifenin belirlenmesini sağlamak amacıyla ileri gelenlerle görüşmeler yaptılar. Hz. Ali (ra), Hz. Talha (ra) ve Hz. Zübeyr (ra), halife adayı olarak ilk akla gelebilecek isimlerin başında geliyorlardı. Asiler, üçüyle görüşmeler yaptılar. Ancak bu kriz ortamında kimse halife olmak istemiyordu. Halifenin karşı karşıya kalacağı en büyük sorun, kısa süre içinde siyasi parçalanmışlığa maruz kalan ümmetin birliğini tekrar tesis etmekti. Nihayet birkaç görüşmeden sonra Hz. Ali (ra), halife olmayı kabul etti. Böyle zamanlarda görev kabulü, ateşten gömlek giymek anlamına geliyordu. Siyasi tercihleri sebebiyle parçalanmış bir ümmet, Hz. Ali (ra) halife olduğunda ümmet, kabaca üç gruba ayrılmıştı.
Birinci grup, Hz. Ali (ra)’ye biat edenlerden oluşuyordu. Ona biat edenlerin çoğunluğu fitnenin içinde yer almayan kesimler olup, esasen bunların siyasi bir iddiası ya da -istikrar dışında- beklentileri yoktu. Bundan dolayı şura ehli olarak kabul edilen Medinelilerin biat ettikleri yeni halifeye itaat etmekte tereddüt göstermediler. Hz. Osman’ın son dönemdeki bazı icraatları sebebiyle Hz. Osman (ra)’a karşı olan Ensar’ın önemli bir kısmı da Hz. Ali (ra)’yi desteklediler. Nitekim Hz. Ali (ra), vali atamalarında onları dikkate aldı.
Yeni halifeyi destekleyenler arasında yer alan bir grup da Hz. Osman’a muhalif olanlar ya da öldürülmesine doğrudan ya da dolaylı katılanlar veya öldürülmesini destekleyenlerdi. Nitekim Kûfe’den gelen muhaliflerin lideri konumunda olan Eşter en-Nahai gibi bazı kimseler, yeni yönetimin oluşum sürecinde aktif olarak siyasetin içinde yer almaya devam ettiler. Bu kişiler, Hz. Osman (ra)’ın şehadetine sebep olmalarından dolayı, muhakeme edilmelerini engellemek için siyasi süreçte belirleyici olmaları gerektiğini biliyorlardı. Eşter, Cemel ve Sıffin savaşlarında Hz. Ali (ra)’nin önemli bir komutanı olarak yer aldığı gibi, daha sonra Hz. Ali (ra) tarafından Mısır’a vali olarak gönderilmiş; ancak Muaviye’nin bir adamı tarafından zehirletilerek öldürülmüştür.
Hz. Osman’ın katline karşı olan grup da -Hz. Ali (ra)’yi destekleyenlerde olduğu gibi- yeknesak bir yapıya sahip değildi. Kuşkusuz bu grubun başında Ümeyyeoğulları ailesi geliyordu. Hz. Osman (ra)’ın katli sırasında aile mensuplarından Medine’de bulunanların çoğu ile diğer eyaletlerde bulunanların bazıları, Mekke’ye giderek orada toplanan muhalefet grubuna katıldılar. Ailenin önemli isimlerinden biri olan Muaviye ise valilik yaptığı Şam’da, Hz. Osman (ra)’ın katillerinin cezalandırılması talebiyle Hz. Ali (ra)’ye biat etmeyi reddetti.
Aralarında, -halife olduğu sırada Hz. Osman (ra)’ın bazı icraatlarına muhalefet eden- Hz. Aişe (r.anha), Hz. Talha ve Hz. Zübeyr (ra) gibi ashabın ileri gelenlerinden bazılarının da bulunduğu muhalifler, Mekke’de bir araya gelerek Hz. Ali (ra)’yle mücadele etme kararı aldılar. Basra ve Mısır gibi eyalet merkezlerinde bulunan ahalinin bir kısmı ise Hz. Osman (ra)’ın şehadetine muhalefet ettikleri için durumun netleşmesini beklemeye karar verdiler.
İslam ümmetinin bazı mensupları ise fitneden uzak kalmayı tercih ettiler. Sayısal olarak çoğunluğu oluşturmasalar da aralarında önemli sahabiler vardı. Ancak bir grup olarak hareket etmiyorlardı. Öte yandan tavırları Müslümanları birleştirmeye de yetmiyordu. Onlar arasında şura ehlinden olan Sa’d b. Ebi Vakkas (ra)’ın yanı sıra Üsame b. Zeyd (ra) ve Ebu Musa el-Eş’ari (ra) gibi isimler dikkat çekmektedir.
Hz. Ali (ra), istikrarı sağlamak için çaba harcadıysa da birliği sağlayabilecek etkili bir adım atamadı. Kendisine muhalefet edenlerden karşı karşıya geldiği ilk grup, Mekke muhalefetiydi. Hz. Aişe (r.anha)’nin sembolik liderliği etrafında toplanan, Talha ve Zübeyr (ra)’in öne çıktığı ve Ümeyyeoğulları’ndan bazı kimselerin de aralarında bulunduğu bu muhalifler, Mekke’de toplanarak yaptıkları bir dizi görüşmeden sonra Basra’ya gitmeye karar verdiler. Tezlerini iki temel eleştiri üzerine oturtmuşlardı: Birincisi mazlum olarak öldürülen Hz. Osman’ın katillerinin cezalandırılması, ikincisi Hz. Osman’ın katillerini cezalandırmak için adım atmadığını söyledikleri Hz. Ali (ra)’nin olağanüstü bir ortamda halife seçilmesinin kabul edilemeyeceğiydi. Hz. Ali (ra), onlarla Basra yakınlarındaki Hureybe’de savaştı. Çatışmaların Hz. Aişe’nin devesinin etrafında yoğunlaşması sebebiyle Cemel vakası olarak isimlendirilen bu savaş, Müslümanlar arasında meydana gelen ilk iç savaştı. İki tarafın liderleri de Müslümanların mümtaz şahsiyetleriydi. Ancak Müslümanları karşı karşıya getirmeden sorunu çözebilecek bir yöntem geliştiremediler.
Hayatını kaybeden Müslümanlar arasında savaş alanında öldürülen Hz. Talha ile savaş alanından ayrıldıktan sonra İbn Cürmuz tarafından öldürülen Hz. Zübeyr (ra) de vardı. (Cemaziyelahir 36/Aralık 656.)
Hz. Ali (ra), Cemel vakasından sonra Kûfe’ye giderek burayı devletin başkenti yaptı. Buraya geldikten sonra âsi olarak gördüğü Muaviye b. Ebi Süfyan’a karşı harekete geçmeye karar verdi. Daha önce birbirlerine birçok mektuplar göndermişler; ancak Muaviye biat etmeyi Hz. Osman (ra)’ın katilleri koşuluna bağladığı için sorunu barış yoluyla çözememişlerdi. Dahası, zaman geçtikçe güçlenen Muaviye, artık Hz. Ali (ra)’nin hilafetini de sorgulamaya başlamıştı. İki ordu, Suriye ile Irak arasında bulunan Sıffin’de karşı karşıya geldiler. Aylarca süren görüşmeler ve küçük çatışmalar sonuç vermeyince Hz. Ali (ra) ordusuna saldırı emri verdi. Yoğun saldırıların olduğu ve gece de devam eden çatışmaların sonunda Amr b. el-Âs (ra)’ın tavsiyesiyle Muaviye’nin adamlarının Kur’ân’ı havaya kaldırarak, “Aramızda Allah’ın kitabı hakem olsun” çağrısı etkili oldu. Hz. Ali (ra), ordusunun çoğunluğunun ısrarı üzerine savaşı durdurmak zorunda kaldı. (9-10 Safer 37/27-28 Temmuz 657.) Kur’ân’ın hakemliğine davet, sorunun hakemler eliyle çözülmesi kararıyla sonuçlandı. Ancak tahkim görüşmeleri, sorunu çözmek bir yana, Hz. Ali (ra)’nin ordusunda yeni bölünmelere sebep oldu.
Nehrevan Tahkimin kabulü üzerine “Hariciler” olarak isimlendirilen bir grup, Hz. Ali (ra)’nin ordusundan ayrılmaya karar verdiler. Hz. Ali (ra) önce onları kendisiyle birlikte Kûfe’ye gitmeye ikna etti. Ancak hakemlerin görüşme yapmak üzere sözleşilen yere gönderilmesi üzerine Hz. Ali (ra)’den ayrıldılar. Bu grup ile Hz. Ali (ra) arasında meydana gelen Nehrevan savaşından önce Haricilerin çoğunluğu, savaş alanından ayrıldı. Orada kalanların çoğu öldürüldü; önemli bir kısmı da yaralı olarak kurtuldu. (9 Safer 38/17 Temmuz 658.)
Çatışmalar başlamadan Nehrevan’dan ayrılan Hariciler, daha sonra yaptıklarından dolayı pişmanlık duydular. Bu grup, Hz. Ali (ra) döneminde birçok küçük isyan çıkardılar. Nihayet meydana gelen hadiselerin sorumlusu olarak gördükleri Hz. Ali (ra), Muaviye ve Amr b. el-Âs (ra)’ı öldürmeye karar verdiler. Muaviye ve Amr’a karşı gerçekleştirilen suikast başarılı olamadı. Ancak Hz. Ali (ra), uğradığı suikasttan birkaç gün sonra vefat etti. (19 Ramazan 40/26 Ocak 661.) Hz. Ali (ra)’nin hilafet yılları, Müslümanların başında saygın liderler olmasına rağmen, duyguların yönlendirdiği iç savaşlarla ve çatışmalarla geçti. Süreç, dönemin en önemli âlimlerinden biri olan Hz. Ali (ra)’nin gelişmeleri kontrol etmesine imkân vermedi. Sonraki yıllarda duyulan pişmanlıklar ise sonucu değiştirmedi.